Rinnegan awalnya milik Rikudou Sennin (Sage of the Six Paths). Dia kemudian membagi kekuatannya ke-kedua putranya, yang membentuk Senju dan Uchiha. Agar setiap manusia dapat mengaktifkan Rinnegan, mereka membutuhkan DNA Uchiha dan Senju. Uchiha Madara, di hari-hari terakhir hidupnya, mampu mengaktifkannya, karena ia sudah memiliki sel Mangekyo dan Hashirama Abadi (DNA Senju), membuatnya mirip dengan Sage.
Tapi pertanyaannya adalah Mengapa Nagato memiliki mata rinnegan? dan kenapa bisa mengaktifkannya kembali? Ya, itu adalah Madara yang telah menanamkan Rinnegan padanya di usia muda, tapi kemudian, meskipun matanya ditanamkan, Nagato tidak memiliki DNA Uchiha maupun DNA Senju untuk dapat mengaktifkan kembali Rinnegan tersebut. Bagaimana dia bisa melakukannya?
Dan sebagai kelanjutan dari itu, mari kita asumsikan dia mampu mengaktifkan kembali Rinnegan yang sudah terbangun (Madara membangunkannya pada awalnya), bagaimana dia bisa menggunakannya dengan baik dan mengendalikannya tanpa mengorbankan tubuhnya? Dia berasal dari klan Uzumaki yang mungkin merupakan kerabat jauh Senju, tapi itu tidak membenarkan bagaimana dia bisa mengendalikannya dengan baik karena dia tidak memiliki ciri SO6P, tidak seperti Madara yang sekarang bisa dibandingkan dengan Sage (dengan DNA dan Rinnegan).
Alasan Nagato dapat memiliki mata rinnegan? juga dapat menguasainya
Dikarenakan nagato tidak perlu membangunkan Rinnegan. Madara sudah melakukan bagian itu untuknya (menunggu DNA Senju terwujud dan bergabung dengan DNA Uchiha untuk membangkitkan Rinnegan). Karena Nagato adalah seorang Uzumaki, yang membuatnya menjadi kerabat jauh Senju, dia dapat mengontrol Rinnegan. Yang perlu dilakukan Nagato hanyalah mengaktifkan Rinnegan. (Kerabat Senju + mata Uchiha yang berevolusi = Mampu menggunakan Rinnegan).
Bagian pentingnya adalah Madara telah membangkitkan Rinnegan dan memberikannya kepada Nagato. Perhatikan bahwa sejak Nagato menerima Rinnegan dan mengaktifkannya, dia tidak pernah kembali ke bentuk mata normal atau bentuk Sharingan. Penjelasan terbaik untuk ini adalah karena Rinnegan tidak menyebabkan kelelahan mata seperti Sharingan dan Byakugan. Rinnegan adalah bentuk mata yang sempurna, dan karenanya tidak mempengaruhi tubuh Pein.
Adapun aktivasi, kita tahu bahwa Nagato mengaktifkannya setelah kematian orang tuanya. Perlu diingat bahwa ini adalah mata Uchiha dan Uchiha dikenal memiliki hasrat cinta yang lebih kuat dari pada Senju. Jadi pengaktifan matanya karena cinta kepada orang tuanya saat dia melihat mereka mati.
Untuk kontrol, satu-satunya persyaratan untuk Rinnegan adalah DNA Uchiha dan DNA Senju (klan uzumaki adalah kerabat dari Senju, pemegang tunggal jutsu Sealing, untuk memperlancar hubungan dan hubungan lebih lanjut dengan senju, dan ini konoha, hokage pertama. menikah dengan Uzumaki Mito, untuk lebih memperkuat hubungan darah) yang Nagato miliki. Secara umum, kontrol penguasaan datang dengan latihan, sama seperti jutsu lainnya.
Kita tahu bahwa Pein tidak memiliki penguasaan penuh Rinnegan karena dia tidak menguasai Jalan Luar. Untuk menggunakan Jalan Luar, Pein harus mengorbankan hidupnya saat dia menghidupkan kembali semua orang di Konoha.