Nagato berhasil mengontrol dan menguasai 6 chakra alam saat ia berusia 10 tahun. (Disebutkan oleh jiraiya saat menyadari bahwa Pein chikusodo menggunakan kuchiyose no jutsu saja)
5 elemen harusnya sangat kuat sekali, karena jika dia menggunakan 5 elemen dia agak seperti kakuzu. Bahkan kakashi pun kewalahan saat melawan 3 jutsu milik kakuzu: katon, raiton, dan fuuton.
Jadi apa masalahnya mengapa nagato hanya menggunakan kekuatan Pein 6 jalur?
Dalam pertempuran melawan Hanzo, setelah Yahiko bunuh diri dan mati di depannya, kekuatan batin Nagato terbangun, dan secara tidak sengaja memanggil Gedo Mazo dia akhirnya memiliki batang chakra yang ditusuk ke punggungnya, yang menyebabkan dia menjadi sangat sakit. Juga kakinya terbakar saat melawan Hanzo dan pasukannya (ini terjadi karena bom kertas). yang langsung menusuk tongkatnya ke dalam Nagato untuk mendapatkan chakra dan kemudian nagato membunuh anak buah hanzo. dan pada akhirnya Nagato jatuh sakit, mobilitasnya kendor.
Ini memaksanya untuk menggunakan 6 jalur Pein selama sisa hidupnya ... Maka satu-satunya kekuatan jarak jauhlah yang dibutuhkan karena penyakit dan mobilitas itu yang dialaminya.